重要的是要有一套运行有效的生态过滤系统，其中包括机械过滤和生物过滤。通常的机械过滤只能去除固体污物，而溶于水中的还有大量的，如蛋白之类的有机物是无法滤清的，只有靠生物过滤系统才能完成。
过滤机的过滤能力要足够大。过滤机的过滤能力，都以升/小时来表示。要将水滤清，一般要求过滤量要达到4-7个过滤循环，具体讲，如果鱼缸的水是200升，就要配处800—1500升/小时的过滤机。
鱼只的数量和饵料的多少都要适度，鱼的蜜度过大，喂饵料过多，等于增加了污染量。
市场有些劣质饵料，为增加卖相会加入色素，喂用时饵料中的色素溶入水里，就使水变为色，如出现此情况就应更换饵料才能沏底解决。
水草也是净化水体的好帮手，应该尽量多养水草，使整个水族缸变成一个小小的生态乐园，水体自然就变得十分清澈。
在缸中投放清道夫和食苔虾，它们能清除附着在缸壁上的污垢和藻类，使缸壁清晰。
有时候我们会看到水面上有一层薄薄的膜状物。鱼友们俗称为“油膜”，这也是水垢的一种，它实际是水中析出的蛋白类有机物质。解决这层油膜有多种方式：
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1、一般采用溢流方式过滤的大型鱼缸，都会在水面处开一个溢流口，直接将油膜导入过滤系统中过滤分解。
2、采用上滤、瀑布等方式过滤的小缸，可以在水面添加一个入水口，直接吸取油膜，动手能力不强的的话，水族店里和淘宝网上有成品，叫除油膜器。但这种除油膜器不建议使用在过滤桶上，因为其可能导致过滤桶内吸入大量空气，干扰水泵正常工作，甚至烧泵。
3、太小的缸，或没有条件添加除油膜硬件，可以放一些“黑玛莉”，这种上层鱼，总是在水面上找食物，同时吞食油膜。也可以定期用一个小杯子压入水中，杯口贴近水面，让水面的水溢流到杯中，手工清除油膜。