控制结垢有溶解、消除结垢和除垢两种方法，前者是通过对液体的预处理消除结垢，后者是对已经产生的结垢进行清除。 普通的除垢方法分化学方法和物理方法。 化学除垢处理是采用化学药剂使太阳能热水器系统中的真空管、管道和其他设备中的水垢溶解、疏松、脱落、具体的方法有碱洗耳恭听、酸洗、络合剂清洗、离子交换剂软化等。
清洗太阳能热水器不仅是一种卫生习惯，更重要的是延长其使用寿命。如果太阳能热水器长时间不进行清洗的话，在热水器的内部就容易形成水垢，由于水垢中存在着多种的化学成分，长期水垢的积累和沉淀使得水中的有害物质不断增加，用这种水洗脸或者是洗浴就会出现皮肤过敏的问题。
只有正确的了解到太阳能热水器的清洗方法，我们才能够对太阳能热水器做一个正确的掌握。定期对太阳能热水器进行清洗的话，是可以减少太阳能热水器清洗的困难度的，也可以更好的保证太阳能热水器的清洗效果以及太阳能热水器的使用效果。
太阳能热水器用户不知道，太阳能热水器运用二年以上水箱内都会有一层水污。这是由于水中溶有一定数量的钙镁盐类，如碳酸氢盐、碳酸盐等一同还富含泥沙和有机物等，这些盐类在受热进程中发生物理和化学变化而构成水垢，就像我们用电开水壶烧开水一样久了都会看到有一层水污。水中富含碳酸氢钙在水温添加进程中会分解生成难溶的碳酸钙。