负责起草能源发展和有关监督管理的法律法规送审稿和规章，拟订并组织实施能源发展战略、规划和政策，推进能源体制改革，拟订有关改革方案，协调能源发展和改革中的重大问题。
综合司
负责文电、会务、机要、档案、督查、财务、资产管理等机关日常运转工作，承担政务公开、保密、信访，以及能源行业统计、预测预警等工作，承担国家能源委员会办公室的综合协调工作。
石油天然气司（国家石油储备办公室）
拟订油气开发、炼油发展规划、计划和政策并组织实施，承担石油天然气体制改革有关工作，承担国家石油、天然气储备管理工作，监督管理商业石油、天然气储备。
新能源和可再生能源司。
指导协调新能源、可再生能源和农村能源发展，组织拟订新能源、水能、生物质能和其他可再生能源发展规划、计划和政策并组织实施。
电力监管司
组织拟订除核外的电力运行、电力建设工程施工、工程质量监督管理办法的政策措施并监督实施，承担电力生产监督管理、可靠性管理和电力应急工作，负责水电站大坝的监督管理，依法组织或参与电力生产事故调查处理。
国际合作司
组织推进能源国际交流与合作，按分工承担同外国能源主管部门和国际能源组织谈判并签订协议有关工作，拟订能源对外开放战略、规划及政策，协调境外能源开发利用。