预付款银行保函是指以银行信用为担保，由银行向甲方出具的担保函，但乙方违约时，由银行向甲方进行赔付。目前，预付款银行保函主要是建设银行开具，支持全国使用。也有部分甲方要求必须为当地银行开具的，这种情况可以通过担保公司代为办理。同时，部分项目会要求采用基本户所在银行开具的保函，如果基本户所在银行不提供银行保函办理业务，可以通过担保公司代为办理。
银行保函一般是指工程类银行担保函，是指企业在进行工程投标、签订合同、支付农民工工资等商业活动时，向招标方或甲方提供的银行担保函，用来替代保证金。银行保函是指以银行信用为担保，当被担保人违反约定时，由银行替被保证人支持违约金。根据相关规定我国工程类保证金只保留四种，分别是投标保证金、履约保证金、预付款保证金、农民工工资保证金，与之相匹配，银行保函也分为：投标保函、履约保函、预付款保函、农民工工资保函四种。
预付款保函与履约保函的区别：
履约保函是为了保证中标单位如约履行工程合同的内容
预付款保函是保证在甲方支付了预付款之后能收到合同约定的效果，也即在甲方支付了预付款之后如乙方没有履行合同，银行则将预付款保函的相应押金交还给甲方作为损失补偿。
也就是说这是两个不同的保函，都是要交的。因此从某一个角度也能体现施工单位的经济实力。
不过不用担心，作为预付款的保函既然是为了保证预付款的，就不像履约保函那样一定要到工程全部建设结束，合同内容履行完毕之后才退还给你。通常是约定保证预付款用在合同上就可以退还了。只是在工程建设前期冻结在银行，后面就解冻了。
投标保函，一般是指银行投标保函，指在投标时，由投标人向招标人提交的，一般是和投标文件一起提交，由银行信用担保，保证投标人不提前撤回投标、中标后及时签定合同及缴纳履约保证金、不擅自修改条款、及不得提高中标价格等等的银行承诺函。