预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。例如，在成套设备及大型交通工具的合同中，通常采用带有预付性质的分期付款或延期付款支付部分价款。在这种交易中，进口人在签订合同后，向出口人开立履约保证书，由银行保证进口人按合同规定按期支付价款，同时，出口人也向对方开立还款保证书。如出口人不能按期交货，银行保证及时偿还进口人已付款项的本金及所产生的利息。
如果保函中未曾写明预付款保函的担保金额，将随保函归还金额而相应减少，则很可能出现预付款已大部分偿还，而保函额不减的局面，业主随时可能全额没收保函，而承包商却不拥有全额预付款（因为很可能在业主没收保函时，承包商已经偿还了部分预付款）。
预付款保函的另一个风险是保函的生效时间先于承包商收到的预付款，承包商在不知情的前提下，业主已经没收预付款保函而承包商未收到预付款。
还有一种可能的风险，就是预付款已经扣还完毕，而预付款保函没有及时撤销，让业主有机可乘，留下没收保函之机。
一般情况保函的金额就是预付款的金额。但对预付款的付款时间和合同交货时间较长而且金额较大的合同，我们在商务谈判中可要求保函的金额为预付款金额加上从预付款支付到买方索偿这段时间的利息，利率买卖双方事先商定。除保函另有声明外，保函担保金额不因合同被部分履行而减少。