银行承兑汇票是银行到期无条件付款，承兑银行见到到期的银行承兑汇票后，只要审核汇票背书连续及汇票的真实性后即可付款：而国内信用证开证(议付)行必须审核信用证及其所附单据，保证单证相符、单单相符后方可付款。银行承兑汇票一般都是在汇票到期日由承兑银行支付款项，而国内信用证的付款期限可分为即期付款和延期付款(两者都要在信用证有效期内)，即期付款是指开证行在收到受益人提交的符合信用证要求的单据后，立即向受益人支付款项(一般是在五个工作日内)，延期付款是指在货物发运日后某一日付款。其中，即期付款的国内信用证和银行承兑汇票不同，它没有到期日的概念，随到随付。
银行承兑汇票贴现时，受理银行虽然要求提供能够证明该银票项下的交易确已履行的凭证(包括与其直接前手之间的增值税发票和货运单据)，但贴现银行到期办理委托收款时不再需要附这些证明单据。实际上，只要保证汇票本身的真实性和背书连续，承兑银行就必须付款。实际工作中，大多数银行在办理银行承兑汇票贴现时，出于各种各样的原因，对增值税发票、运输单据的审查往往只是流于形式。因此，两者虽然都要求有贸易背景，相比之下国内信用证更加强调商品交易履行合同的真实性。
国内信用证可以根据买方，或者卖方的要求进行修改，往往是贸易双方对合同上的条款进行了修改，相应地对信用证上的条款也进行修改，甚至修改信用证金额，这就给交易双方带来了方便。而银行承兑汇票上的金额不能进行修改，也不能对部分金额进行背书转让，只能以此金额终办理结算。这也是一些客户将大额银行承兑汇票质押给银行，重新签开若干小额承兑汇票用于不同用途支付的主要原因。
根据《支付结算办法》，企业申请办理银行承兑汇票只要交纳万分之五的手续费，办理贴现时不须再交纳手续费，而国内信用证由于手续比较复杂，在整个业务环节，企业要交纳相对较多的费用。《国内信用证结算办法》中要求，企业在申请开证时，要交纳开证手续费(按开证金额的0．15％收取，100元)；申请修改信用证时，按每笔100元交纳修改手续费，增额修改的，对增额部分按开证手续费标准收取，少不低于100元，不另收修改手续费；通知行通知受益人时，受益人交纳通知手续费每笔50元；受益人办理议付时，按议付金额0．1％交纳议付手续费。