1996年，茅台酒工艺被确定为国家机密加以保护。2001年，茅台酒传统工艺列入首批物质文化遗产。2006年，批准将“茅台酒传统酿造工艺”列入首批非物质文化遗产名录，并申报世界非物质文化遗产。2001年3月29日，茅台酒被批准为“原产地域保护产品”。2013年3月28日，原国家质检总局批准调整“茅台酒”地理标志产品保护名称和保护范围。
在此期间，要经历重阳下沙、端午踩曲、长期贮存等工艺环节的淬炼，制酒生产一年一个生产周期，顺应季节变换，历经两次投料、九次蒸煮、八次发酵、七次取酒；酿制而成的基酒还需在陶坛中经过三年以上的贮存，后，采用酒勾酒的方式将一百余种不同酒龄、不同香型、不同轮次、不同酒度等各有特色的基酒进行组合，形成了茅台酒的典型风格。
茅台酒工艺中的三高是指茅台酒生产工艺的高温制曲、高温堆积发酵、高温馏酒。茅台酒大曲在发酵过程中温度高达63℃，比其它任何名白酒的制曲发酵温度都高10－15℃；在整个大曲发酵过程中可优选环境微生物种类，后形成以耐高温产香的微生物体系，在制曲过程中首先做到了趋利避害之功效。高温堆积发酵是中国白酒生产敞开式发酵为经典和独创之作，也是其它名白酒工艺所不具有的。高温馏酒：蒸馏工艺本身是固液分离的技术，但茅台酒生产工艺的蒸馏与其它白酒完全不同。
茅台酒工艺的季节性生产指茅台酒生产工艺季节性很强。茅台酒生产投料要求按照农历九月重阳节期进行，这完全不同于其它白酒随时投料随时生产的特点。采用九月重阳投料一是按照高粱的收割季节；二是顺应茅台当地气候特点；三是避开高营养高温生产时节，便于人工控制发酵过程，培养有利微生物体系，选择性利用自然微生物；四是九月重阳是中国的老人节，象征天长地久，体现中华民族传统文化。