CT的工作程序涉及以下几个关键步骤：首先，根据人体不同组织对X线的吸收和透过率的不同，使用高灵敏度仪器对人体进行测量。测量所获取的数据随后被输入到电子计算机中进行处理，终生成人体被检查部位的断面或立体图像，从而能够发现体内检测部位的细小病变。
图像显示与存储系统
图像显示和存储系统负责将计算机处理后的图像以直观的方式展现出来，并进行存储：
图像显示：处理后的图像可以在监视器上显示，供医生进行诊断分析。
图像存储：图像数据可以被存储在各种媒介上，如传统的胶片、数字磁盘或云存储系统中，以便于未来的参考和研究。
用以检查机体器官、组织或细胞中的病理改变的病理形态学方法。为探讨器官、组织或细胞所发生的疾病过程，可采用某种病理形态学检查的方法，检查他们所发生的病变 ，探讨病变产生的原因、发病机理、病变的发展过程，后做出病理诊断。病理形态学的检查方法，首先观察大体标本的病理改变，然后切取一定大小的病变组织，用病理组织学方法制成病理切片，用显微镜进一步检查病变。
活体组织检查 从患者身体的病变部位取出小块组织（根据不同情况可采用钳取、切除或穿刺吸取等方法）或手术切除标本制成病理切片，观察细胞和组织的形态结构变化，以确定病变性质，作出病理诊断，称为活体组织检查（biopsy），简称活检。这是诊断肿瘤常用的而且较为准确的方法。近年来由于各种内窥镜（如纤维胃镜、纤维结肠镜、纤维支气管镜等）和影像诊断技术的不断改进，不但可以直接观察某些内肿瘤的外观形态，还可在其指引下准确地取材，进一步提高了早期诊断的阳性率。